Il n'existe pas d'approche comparative ex post et ex ante de l'état des milieux naturels sur l'emprise d'une opération d'aménagement. Or, depuis une dizaine d'années et dans un contexte réglementaire renforcé, l'obligation et la volonté de maîtrise environnementale des opérations autoroutières tend à se renforcer, démontrant la faisabilité d'actions d'évitement et de reconquête vis-à-vis des milieux naturels et des espèces sur la zone de travaux.

La méthode NOTEE VA est un outil d'évaluation de l'empreinte écologique d'une opération autoroutière. Le terme «Empreinte écologique» se définit comme le différentiel de l'état de la biodiversité entre les situations après et avant travaux de réalisation d'une opération d’aménagement autoroutière. Le périmètre géographique à considérer est celui qui se trouve influencé par les actions du Maître d’ouvrage (à l'exception des mesures compensatoires). Ainsi, les champs couverts par la méthode NOTEE VA sont exclusivement ceux liés à la quantification et la qualification de l'état de la biodiversité sur l'aire d'étude à un instant t.

La méthode s'appuie sur un travail d'analyse de l'état de l'art en France et à l'international afin de choisir les modalités de quantification et de qualification de l'état de la biodiversité.
4 thématiques permettant d'approcher une définition de l'état de la biodiversité ex ante et ex post ont été choisies

• l'état écologique des habitats naturels composant l'aire d'étude ;
• la patrimonialité de ces habitats : la patrimonialité étant une construction sociale accordant de la valeur à ce qui est rare ;
• la connectivité - continuité permettant de quantifier la faisabilité pour les espèces à effectuer les déplacements vitaux pour accomplir leur cycle biologique ;
• la nature protégée : milieux naturels ou espèces bénéficiant d'un statut de protection réglementaire, qui vient répondre aux préoccupations des Maîtres d’ouvrage et à l'un des attendus des bilans environnementaux au sens de la loi LOTI.

Les indicateurs choisis pour restituer ces 4 thématiques sont mesurés par expertises avant et après travaux. Ainsi, chaque indicateur prend une valeur comprise entre 0 et 1 reflétant les variations de l'état de la biodiversité avant et après travaux.
Les modalités de restitutions de l'empreinte écologique sont doubles :

• une représentation quantitative sous forme de diagramme traduisant l'intensité du différentiel. Cette dernière est aussi synthétisée par une notation traduisant la perte (-1), le maintien (0) ou le gain (+1) par indicateur ;
• des atlas cartographiques permettant d’obtenir une vision qualitative des résultats. Ils viennent informer l'aménageur et les institutions sur l'impact résiduel de l'opération pour chaque unité écologique de l'aire d'étude.